Указом Президента Российской Федерации от 02.02.2016 №41 «О некоторых вопросах государственного контроля и надзора в финансово-бюджетной сфере» упразднена Федеральная служба финансово-бюджетного надзора, функции по контролю и надзору в финансово-бюджетной сфере переданы Федеральному казначейству.
В связи с прекращением с 20.04.2016 исполнения Территориальным управлением Федеральной службы финансово-бюджетного надзора в Калининградской области полномочий, расторгнуто заключенное 16.01.2013 Соглашение о сотрудничестве между контрольно-счетной палатой Калининградской области и Территориальным управлением Федеральной службы финансово-бюджетного надзора в Калининградской области.